Hauptstory grob erklärt, ohne zu viel zu spoilern.
Also eigentlich spielt die Hauptstory in der realen Welt.
In einer Maschine, dem Animus, welche die Gedanken von deinen Vorfahren real werden lässt.
Es geht eigentlich um eine menschliche Rasse, die durch einen Sonnensturm ausgelöscht wurde.
Und diese Rasse versucht die Menschen so zu kreuzen, dass sie wieder entsteht.
Eine der speziellen Fähigkeiten von ihnen war der Assassinenblick.
Diese Story tritt aber immer mehr in den Hintergrund.
Man findet in verschiedenen Teilen der Serie immer wieder Tempel dieser alten Zivilisation.